W Deus Ex: Bunt Ludzkości wcielasz się w Adama Jensena, byłego specjalistę ze SWAT-u, wybranego, by dopilnował bezpieczeństwa najbardziej awangardowych amerykańskich firm biotechnologicznych. Twoim zadaniem jest ochrona sekretów firmy, lecz gdy grupa komandosów włamuje się i zabija naukowców, których miałeś chronić, priorytety Twojej pracy ulegają całkowitej zmianie. Gdy zostajesz ciężko ranny podczas ataku, jesteś zmuszony do przyjęcia mechanicznych ulepszeń i prędko orientujesz się, że ścigasz cienie po całym świecie, nigdy nie wiedząc, komu możesz zaufać. W tych czasach, gdy osiągnięcia nauki zmieniają atletów, żołnierzy i szpiegów w istoty nadludzkie, komuś bardzo zależy na tym, by ewolucja ludzkości podążyła jedną konkretną ścieżką.